علی مطهری در واکنش به علم الهدی نوشت : اگر بنا بود نمایندگان مجلس تشخیص‌های آقای علم الهدی را ملاک تصمیم‌های خود قرار دهند امروز اثری از جمهوری اسلامی نبود

علی مطهری با بیان اینکه صحیح نیست رئیس جمهور در هر مسئله ای وارد شود گفت: رئیس قوه قضائیه هم در همه چیز وارد می‌شود. در حالی که هر کسی باید کار خود را بیان کند و گزارش از کار خود بدهد و پاسخ سوالات مردم را بدهد و این نقصی است که باید اصلاح کنیم...

علی مطهری گفت: دراویش نیز اگر خرافات را اشاعه ندهند جلسات‌شان نیز فکری باشد، فکر نمی‌کنم فعالیت‌شان مشکلی داشته باشد...

علی مطهری به مصاحبه صداوسیما با آیت الله هاشمی شاهرودی واکنش نشان داد و آنرا یک بام و دو هوا خواند

علی مطهری در خصوص صحبت های رئیس جمهور گفت: موضع رئیس جمهور بجا بود و اصل این حرف درست است؛ اما به نظر من، باید به این نوع موضوعات دامن نزد

علی مطهری در حمایت از افزایش قیمت بنزین گفت : بعد از حوادث اخیر، دولت و مجلس نباید حالت انفعال پیدا کنند، اگر لازم است، اصلاح اقتصادی انجام شود، اینگونه نباشد که بعد از چند اعتراض، عقب‌نشینی شود و قیمت بنزین را افزایش ندهیم

علی مطهری گفت: کابینه فعلی مورد نظر ما هم نبود، وقتی آقای روحانی انتخاب شد یک چرخشی کرد که محسوس بود که فکر می‌کنم ایشان می‌خواستند مخالفان را آرام کنند.

علی مطهری نوشت: به عقیده من این اقدام ترامپ باعث تسریع در آزادی فلسطین خواهد شد چون حجت را بر کشورها و گروه های مردد در مبارزه با اسرائیل تمام کرد. در واقع ترامپ ناخواسته خدمتی به آرمان فلسطین کرد

علی مطهری نوشت : سخن در صرف احضار نیست بلکه بیشتر در بعد از احضار است و قاعدتا مقصود رییس‌جمهور نیز همین بوده است...

علی مطهری در مخالفت با وزیر اطلاعات گفت: به عنوان مثال وقتی از وزیر اطلاعات درباره بازداشت مدیران کانال‌های تلگرامی در آستانه سال ۹۶ سوال کردیم ایشان گفت این کار توسط نهاد دیگری انجام شده و خود من هم معترض هستم...