علی مطهری در دانشگاه شریف گفت: درميان لاريجانی ها علی لاریجانی از همه بهتر است و گاهی منصف است اما [آیت الله] صادق[آملی لاریجانی] تحمل انتقاد ندارد و تا به حال دو بار عليه من اعلام جرم كرده است

علی مطهری در نامه ای به جعفری دولت آبادی دادستان تهران به موضوع احضار محمود صادقی نماینده تهران واکنش نشان داد

علی مطهری گفت : لازم نیست نظرات خود را با نظرات رهبری تطبیق دهیم زیرا هیچ دو انسانی نیستند که نظرات کاملا یکسان داشته باشند

علی مطهری در پاسخ به حجت الاسلام احمدی نوشت : نوشته‌اید که دستان خود را پس از مصافحه با من خواهید شست چون بنده را نجس می‌دانید. خیالتان را راحت کنم که من اصلا با فردی مانند شما مصافحه نخواهم کرد تا نیاز به شستن دستهایتان باشد

دادستان مشهد گفت : اگر برخی می خواهند در هر منصبی باشند بدانند که با خدمت و تلاش می توانند رای مردم را کسب کنند و با برخی جوسازی ها مردم گول نمی خورند.

این روحانی خطاب به علی مطهری نوشت : اگر چنانچه در شرایطی قرار گیرم که به شما دستی بدهم حتما پس از آن دستان خود را خواهم شست

در نامه علی مطهری به رئیس جمهور آمده است : لطفا برای ما روشن فرمایید که حاکم در استان خراسان رضوی استاندار است یا دادستان و امام جمعه؟ نیروی انتظامی تحت فرمان استاندار است یا دادستان؟

علی مطهری در واکنش به اظهارات کدخدایی گفت: ایشان باید بدانند که تعبیر "خودنظارتی" برای مجلس توسط رهبر انقلاب در جمع نمایندگان دوره هشتم مجلس به کار رفت و بعد از آن بود که قانون نظارت بر رفتار نمایندگان تصویب شد

علی مطهری گفت :اگر بخواهیم نظارت را شامل اظهارنظرهای نمایندگان بدانیم و هر اظهارنظری را که مخالف نظر ما بود مخل امنیت ملی معرفی کنیم این امر با اصول قانون اساسی سازگار نیست

علی مطهری گفت : فرضا مردم برای گلی که ایران به کره جنوبی بزند خوشحال شوند و عده‌ای ابراز شادی کنند آیا این امر به معنی خوشحالی و شادی برای شهادت امام حسین علیه السلام و هتک حرمت و اهانت به ساحت سیدالشهداست؟